Οι έντεκα αίθουσες της μόνιμης έκθεσης του Μουσείου άνοιξαν στο κοινό σταδιακά από το 1997 έως τις αρχές του 2004. Σε μια έκταση 3.430 τ. μ. παρουσιάζονται μέσω αυθεντικών εκθεμάτων, που προέρχονται κυρίως από τη Θεσσαλονίκη αλλά και τη Μακεδονία γενικότερα, εποπτικού υλικού και πολυμέσων, πτυχές του βυζαντινού και μεταβυζαντινού πολιτισμού, μέσα από επιμέρους θεματικές και σύμφωνα με την καθιερωμένη περιοδολόγηση της βυζαντινής ιστορίας και τέχνης, δίδοντας ιδιαίτερη έμφαση στον άρτιο και ευφάνταστο μουσειογραφικό και καλλιτεχνικό σχεδιασμό.
Εκτίθενται 3190 αρχαιολογικά αντικείμενα, κειμήλια και έργα τέχνης από τα 46.000 και πλέον που περιλαμβάνονται στις συλλογές του, τα οποία χρονολογούνται από τον 2ο έως και τον 20ο αι. μ. Χ.
